Ubicado en el mismo centro de la cordillera central, Jarabacoa se levanta en una altiplanicie de 525 msnm.
Tres son los principales ríos que pasan por Jarabacoa: El Yaque del Norte, el Jimenoa y el Baiguate. El municipio posee también tres impresionantes saltos de agua: el Salto de Jimenoa 1, Salto de Jimenoa 2 y el Salto Baiguate, y constituye la vía de acceso principal hacia el Pico Duarte (el más grande de las Antillas con 3.175 msnm).